우선 월급제인 근로자분들의 경우 유급휴가가 아닌 경우 일할계산으로 공제를 하는 것이 보편적입니다.
따라서 화~일(6일)을 공제하고 급여를 지급하신 것으로 생각되며, 4월도 마찬가지인 것 같습니다.
ex)
3월은 31일까지 있고, 근로자는 6일 쉰 경우->31일-6일=25일
일할 계산하는 공제 금액 : 320만원 x (6일/31일) = 약 61만 9천원
일할 계산하여 받을 금액 : 320만원 x (25일/31일) = 약 258만원
보편적으로 계산하시면 되겠습니다.
다만, 근로계약서나 취업규칙에 무급으로 쉬는 날 등에 대해 어떤 식으로 공제할지 별도로 적혀있는 경우 그 방법에 따라 우선적으로 계산해 보시면 되겠습니다.

근로기준법은 일주일을 휴일을 포함한 7일로 보고 있습니다.
주휴수당의 경우 일주일(7일)중에 소정근로일수(5일 일수도 6일일수도 있습니다)를 개근한 직원에게 1일의 유급휴가를 주는 것으로, 한 주의 소정근로일수를 개근하여야 주휴일을 받을 수 있습니다.
근로자분께서는 화~일 쉬시면서 소정근로일수에 일(근로)을 하지 못하였으므로 해당 주는 주휴수당이 없다 판단됩니다.

근로계약서는 근로기준법 제17조에 따라 필수항목을 넣어 작성, 근로자에게 교부하는 것이 사용자의 의무입니다.
4대보험 또한 근로자를 쓰는 사용자의 의무이므로 두 가지 사항은 과태료 등 대상이 되는 행위입니다.