근로자의 근로로 인해 발생된 급여에서 세금을 제하고 지급하는 것은 문제되지 않습니다.

4대보험과 관련하여 질문자님은 근로시간이 주60시간 미만이기 때문에 산재보험을 제외한 4대보험은 적용되지 않습니다.(즉, 산재보험은 적용해야 합니다.)

3.3%는 사업소득으로서 프리랜서와 같은 독립적인 업무를 수행하는 경우 적용하는 세율이라서 근로자이신 질문자님께는 적합하지 않습니다.

이상 상기의 내용을 참조하시기 바랍니다.

감사합니다.