임금을 일방적으로 공제하고 지급하시는 것은 임금체불에 해당하므로
만약 전액 지급받지 못하신다면 노동부 진정절차를 통해 구제받으실 수 있습니다.
퇴직후 14일이내에 모든 금품 정산하도록 되어있으므로 14일 지날때까지 전액 받지 못하시면 진정절차 진행 가능합니다.

근로자의 갑작스러운 퇴사로 사업장 내에 피해가 크다면 사용자가 근로자에게 손해배상청구가 가능한 부분이 있습니다.
다만, 피해 정도를 입증하기 어렵고 소송에 드는 비용이 크기 때문에 발생 빈도가 낮으나 가능성은 있습니다. 그러나 이 경우에도 임금에서 일방적으로 공제하실수는 없고, 회사에서 별도로 진행하셔야 하는 부분입니다.