정확한 내용은 해당 질문만으로는 알 수 없습니다.
다만, 9월12일이면 8월급여로 추정되는 데, 8월은 건강보험료 정산이 있는 달입니다.
건강보험료는 1년마다 정산을 합니다.
즉, 미리 예상월급여를 산정하고, 해당 예상급여 * 건강보험료를 부과하는데, 사전에 신고된 예상월급여보다 급여가 더 지급된 경우엔 건강보험공단에서 건강보험료가 추가로 부과될 수는 있습니다.

정확한 원인은 회사에 다시 한번 문의하시기 바랍니다.