해당 수당은 수당대로 따로 챙겨줘야 하는 게 맞고, 월 60시간 이상 일해서 4대보험 의무가입대상자라면 4대보험료를 임금에서 공제한 후 지급하는 게 일반적입니다.

월급에서 발생하는 4대보험료를 사장님이 원천징수 한 후 월급을 지급하는 것은 법에 어긋나지 않아요.

단 이 경우에는 반드시 4대보험에 가입이 되어 있고, 실제 보험료를 공제하고 임금을 지급해야겠죠.

임의로 4.4%를 떼어갈 수는 없습니다.

주휴수당, 야간수당등을 받지 못했다면 임금체불 진정서를 별도로 접수해서 사건을 진행하셔야 할 것으로 사료됩니다.
받을 수당들을 받지못한 것은 4대보험공단이 고려하는 사항이 아니거든요..ㅠㅠ

제대로 받지 못한 임금에 대해서는 노동청에 임금체불로 진정접수가 가능합니다.
근로기준법 제36조에서 사용자에게 14일간의 임금지급 유예기간을 두고 있으므로, 퇴사일부터 14일이 지난 후에 진정접수가 가능합니다.
진정접수 방법은 온라인(고용노동부 홈페이지-민원마당) 또는 방문접수(관할노동지청 민원실)하는 방법이 있습니다.
진정접수 후 3-7일 내에 담당 감독관이 배정이 되고 사장님과 근로자에게 출석일자를 조율하여 노동청으로 출석 요청을 하실 겁니다.
사건 조사의 기간은 약 한 달 정도이며, 사건에 따라 더 걸리실 수도 있습니다.
만약 임금체불 사건을 혼자 해결하기 어렵다면, 청소년근로권익센터에서 노무사님을 배정하여 상담 및 권리구제가 가능합니다.(만24세 이하 대상, 만25세 이상인 경우에도 대학생이라면 지원가능)
노무사님과 심층 상담 후 해당 내용에 대해서 대리로 진정접수가 가능하며, 진정절차에 대해서도 함께 진행할 수 있습니다.


※ 진정서 제출 방법
① 사업장 관할 지방고용노동청에 방문하여 신고하거나
<고용노동부 홈페이지(www.moel.go.kr) → 왼쪽상단의 민원마당 → 지방청/센터 찾기→ 지방관서>
② 인터넷을 통한 진정제기
<고용노동부 홈페이지(www.moel.go.kr) → 왼쪽상단의 민원마당 → 민원신청 → 서식민원 → [임금체불진정서] → 회원가입 후 작성하시거나 공인인증서 로그인 후 신청>


추가로 궁금하신 사항은 청소년근로권익센터(유선상담1644-3119 카카오톡상담 : id 청소년근로권익센터)를 이용 바랍니다.
청소년근로권익센터는 고용노동부와 한국공인노무사회가 함께 운영하고 있습니다.
고맙습니다.