1. 개인 심부름 관련
질문자님과 사장님 간 근로계약을 체결했을 때, 근로계약서 상에 하게 될 업무가 기재돼 있을 것으로 사료됩니다.
질문자님의 정보에 따르면 카페에서 근무 중인바, 통상적으로 카페에서 일한다면 음료제조, 청소 등 카페업무와 관련된 사항을 일하게 된다고 인지하고 일하게 될 것입니다.
한편, 간단한(가벼운, 자주 있는 것이 아니라 간헐적이고 횟수가 적은) 심부름은 부수적으로 잠깐은 할 수는 있다 하더라도
심부름의 횟수가 많고 장기화되는 경우에는 이는 통상적인 업무 수행과는 거리가 멀게 되므로 문제의 소지가 있다 사료됩니다.
갖가지 심부름을 시킴을 이유로 근로계약을 그만하고 싶다고 이야기한다고 하여 법률상 문제가 있다고 보긴 어려울 것으로 사료됩니다.

2. 근무시간, 휴게시간 관련
질문자님의 정보만으로는 명확하지 않아 정확한 답변은 힘드나,
휴게시간의 경우 하루에 4시간 이상 일하면 30분 이상, 8시간 이상 일하면 1시간 이상의 휴게시간을 부여하도록 근로기준법에 규정하고 있습니다.
하루에 4시간 이상 일해왔다면 휴게시간이 부여돼야 하며, 부여하지 않은 경우는 법 위반에 해당된다 사료됩니다.
[추가답변] 휴게시간은 4시간 이상 근무 시 필수로 주어져야 하는 것이며, 4시간 이상 일했다면 보험료 지불과는 별도로 반드시 부여돼야 하는 사항입니다.

3. 식대비 관련
식대비의 경우 복리후생의 차원이기 때문에 반드시 회사에서 지급해야 할 의무가 있다고 보긴 어렵다 사료됩니다.
근로계약을 체결할 때 식대비를 제공하기로 했지만, 사장님이 일방적으로 지급하지 않는 경우라면 이는 문제의 소지가 있다고 사료됩니다.