우선 구체적으로 어떤 부분에서 계산차이가 났는지 알 수가 없으니, 우선 회사측의 급여명세서를 받아보아야 할 것입니다.

임금체불이 맞다면 노동부에 임금체불로 진정 제기할 수 있습니다.

법적으로 퇴사 전에 발생한 임금은 바로 법적 조치가 가능하고, 퇴사 이후에는 퇴사 시점부터 14일이 지난 다음에 법적 조치를 할 수 있습니다.
다만, 법적인 조치를 하기 전에 사장님에게 미리 강력히 요구하는 것이 필요합니다.
주휴수당을 포함한 임금을 받는 것이 목적이라면, 법적인 조치를 취하는 데에는 다소 시간이 소모되기 때문입니다.
따라서 사장님에게 주휴수당을 요구하고, 만약 주지 않을 경우 아래의 방법에 따라 요구하겠다고 이야기해보는 편이 좋을 것 같습니다.

제대로 받지 못한 임금에 대해서는 노동청에 임금체불로 진정접수가 가능합니다.
근로기준법 제36조에서 사용자에게 14일간의 임금지급 유예기간을 두고 있으므로, 퇴사일부터 14일이 지난 후에 진정접수가 가능합니다.
진정접수 방법은 온라인(고용노동부 홈페이지-민원마당) 또는 방문접수(관할노동지청 민원실)하는 방법이 있습니다.
진정접수 후 3-7일 내에 담당 감독관이 배정이 되고 사장님과 근로자에게 출석일자를 조율하여 노동청으로 출석 요청을 하실 겁니다.

※ 진정서 제출 방법
① 사업장 관할 지방고용노동청에 방문하여 신고
<고용노동부 홈페이지(www.moel.go.kr) → 왼쪽상단의 민원마당 → 지방청/센터 찾기→ 지방관서>
② 인터넷을 통한 진정제기
<고용노동부 홈페이지(www.moel.go.kr) → 왼쪽상단의 민원마당 → 민원신청 → 서식민원 → [임금체불진정서] → 회원가입 후 작성하시거나 공인인증서 로그인 후 신청>