귀 질의만으로는 정확한 내용을 확인하기 어려우나, 최저임금법시행령 제3조에 따라 최초 3개월 수습기간에 대해 최저임금을 감액(10%)하여 임금을 지급받으신 것으로 추측됩니다. 다만, 수습기간에 최저임금 10%를 빼고 지급할 수 있는 경우는 "근로계약기간을 1년 이상 체결한 경우"이므로 귀하의 경우 6개월의 근로계약기간을 정하셨다면 최초 3개월의 수습기간에 대해서도 최저임금 이상의 임금을 지급받을 수 있습니다.

주휴수당과 미지급(체불임금)과 4대보험 미가입은 별개의 문제이긴 하나, 행정기관의 신고사건 처리 및 조치에 따라 4대보험 미가입에 따른 징수가 발생될 수도 있습니다.