안녕하세요! 월급 계산하는데 이것저것 여러곳에 검색해봤는데 너무 어려워서 여기에도 도움을 요청해봅니다!

우선 저는 쇼핑몰 물류센터에서 재직중이구요.
정확한 직원수는 모르겠지만 물류센터 직원만 우선 30명정도 되는것 같습니다.
센터 가까이에 cs팀이 있고 강남에 본사도 있어서 직원수는 정확히 모르겠습니다.

제가 궁금한건 월급 계산을 아예 할 줄 모릅니다.

근로계약서는 작성했구요.

우선 제가 아는건
기본급여에서 4대보험 4.5%(사업주와 근로자 반씩 부담), 세금 3.3%를 제하는걸로 알고 있습니다.

근데 연장수당을 포함하면

연장수당 + 기본급여에서 4대보험, 세금을 떼는것인지
기본급여에서 4대보험, 세금을 뗀 것에 +연장수당인지
정확히 몰라서 여쭤봅니다ㅠ

저희 회사가 포괄임금제라고 합니다. 포괄임금제도 처음 들었고 검색했더니 너무 어려운 말들이 많아서..

임금 구성항목에 명시되어있는건
기본급 1,748,394원
고정 휴일 근로수당 411,606원이구요.

고정 연장근로수당, 직급수당, 가족수당, 교통비, 식대, 차량유지비, 육아수당, 기타수당은 비워져있습니다.

밥은 구내식당 이용하고 회사에서 식권을 배분해줍니다.

또 초과근무수당? 연장수당?은 9천원이라고 합니다..
연장수당은 9천원이 맞는건가요?

+질문
5인이상 사업장은 주52시간근무가 위법인걸로 알고있습니다.
52시간이 넘지는 않는데
근로계약서에 1일 8시간, 1주 40시간으로 되어있습니다.
1일 8시간 평일, 토요일 7시간30분 근무로 1주47.5시간 근무인데 근로계약서 내용을 변경해야하나요?

월~금요일 쉬는시간 총 30분, 점심시간 1시간이고 중간에 화장실 다녀오고 물마시는 시간을 30분으로 친다고 총 2시간 휴게시간이라고 합니다.

그런데 토요일은 쉬는시간20분, 점심시간40분입니다 윗글처럼 화장실이나 물마시는 시간을 30분으로 한다고 해도 1시간 3ㅔ분인데 근로계약서에는 2시간으로 명시되어있습니다.

고용노동부에 신고하여 주말도 평일처럼 쉴 수 있는 방법이 있나요?

신고하면 신고자가 누군지 회사에서 알 수 있나요?