최저임금의 경우 1년 이상 일하고, 별도로 수습기간을 명시하였다면 최저임금액의 90%를 부여받았다 하여 법 위반으로 보긴 힘들다 할 것입니다.
단, ⓐ 최저임금액의 90% 지급은 수습기간을 둔다는 것을 근로계약서 등에 명시돼있어야 그 효력이 있을 것이며
ⓑ 설령 수습기간을 인정하더라도, 3개월까지만 최저임금액의 90% 지급이 인정될 것이며
ⓒ 단순노무직종에 해당할 경우는 수습기간을 두었다 하더라도 최저임금액의 100%를 지급해야 할 것입니다.

질문자님의 정보만으로는 명확하지 않으나, 근로계약 당시에 회사에서 수습기간을 둔다는 것을 명확하게 하지 않았다면
수습기간을 이유로 최저임금액의 90%만 지급받은 것은 임금체불의 소지가 있을 것으로 사료됩니다.
설령 수습기간이 있음을 근로계약 당시에 알았더라도 3개월까지만 최저임금액의 90% 지급이 효력이있으며, 3개월 이후에도 최저임금액의 90%를 지급받았다면 임금체불의 소지가 있을 것으로 사료됩니다.